L'istituzione museale nasce nel 1979 voluta dall'Amministrazione Comunale, sindaco Lezzi, che gli da sede presso il ristrutturato piano attico del seicentesco palazzo ducale.
Il museo si evidenzia alla nascita come museo di arte contemporanea, ma prevedendosi in futuro una attività di raccolta di strumenti legati alla storia dei costumi e della civiltà locale, con delibera di Consiglio Comunale n. 164 del 5-7-79 adotta la denominazione di "MUSEO D'ARTE MODERNA E DELLE TRADIZIONI POPOLARI".

Aldo Calò ne inaugura le strutture con una sua mostra antologia (ottobre-novembre 1979) ed è subito successo di pubblico e di critica. Affianca la manifestazione un catalogo monografia curato dall'Istituto dell'Arte dell'Ateneo leccese.
L'artista nativo di San Cesario, progetta la sistemazione della piazza antistante Palazzo Marulli e dona al Museo un nutrito gruppo di sue opere e alla cittadina un nuovo "Monumento ai Caduti".

Con delibera n. 7 del 22-1-1980 l'Amministrazione Comunale dota il Museo di Regolamento e Comitato di Gestione e ne modifica la denominazione in "MUSEO DEL TERRITORIO", giacché la struttura museale amplia il suo raggio d'azione volgendo l'attenzione su tutta la tematica dei Beni Culturali riguardanti il territorio; affianca il Museo alla Biblioteca Comunale e lo affida a Gianfranco Coppola. Successivamente, promulgata apposita Legge Regionale che regolamenta le istituzioni museali pugliesi, quest'ultimo per concorso ne diviene istruttore.

Il Museo usufruisce anche di altri spazi espositivi esterni giacché il Genio Civile di Lecce nel 1980, dopo averla restaurata, restituisce al Comune la chiesa trecentesca di S. Giovanni, ricca di pregevoli affreschi di gusto bizantino.
La politica culturale dell'Amministrazione è tesa a far conoscere o rivisitare evidenze artistiche poco note perché lontane nel tempo, o dimenticate, o addirittura sconosciute ai cittadini più giovani per difetto di informazione. Si parte quindi da artisti locali, non per mero campanilismo, ma per una maggiore aderenza agli interessi culturali del Salento e della Puglia tutta.

Nel 1980 ha luogo la "X MOSTRA FILATELICA SALENTINA" che prevede anche un annullo speciale.

Nel 1981 ha luogo una mostra antologica del pittore naif Ezechiele Leandro allora scomparso da poco. "REALTA' DEL LAVORO NEL MEZZOGIORNO D'ITALIA" è il titolo della mostra itinerante fotografica, che ha luogo nella primavera dell'81.

Dal novembre al dicembre dell'81 i docenti GALANTE e DEL GUERCIO dell'Ateneo Leccese presentano una Rassegna d'Arte "PRESENZA E MEMORIA", una verifica dell'arte italiana all'inizio del decennio.

Nell'estate dell'84, il Museo ospita l'Antologica di Francesco Barbieri, il cui percorso artistico è documentato dalla presenza di centinaia di opere di pittura, di scultura e di grafica.

Con Delibera 511 del 1-10-84, l'Amministrazione Comunale decide di mutare definitivamente la denominazione del Museo in "MUSEO CIVICO DI SAN CESARIO" che appare più consona al patrimonio culturale del Museo più vario rispetto al nucleo iniziale di Calò, agli accresciuti interessi artistici che spaziano dall'arte moderna all'antica, dalle verifiche alla didattica, dall'attualità alla storia del territorio.

Nell'85 ha luogo "LA CARTAPESTA" mostra documentaria sulle opere in cartapesta presenti nel Comune. Nello stesso anno viene presentata la mostra "UNA CARTELLA INEDITA DI NULLO D'AMATO" consistente in una serie inedita di linoleografie.

Con delibera n. 198 del 14-3-85 l'Amministrazione Comunale vara a titolo di esperimento la "I MANIFESTAZIONE BIENNALE D'ARTE CONTEMPORANEA" in più sezioni e con un programma che si svilupperà nell'85 e nell'86. Alla fine dell'85 FERNANDO DE FILIPPI, noto artista leccese, ne inaugura la prima sezione con una sua mostra antologica.

Nell'87 NINO CAPPELLO con una sua mostra antologica conclude l'esperimento della "I MANIFESTAZIONE BIENNALE D'ARTE CONTEMPORANEA".

Nel 91 "SCULTURE A CORTE" occupa l'atrio di Palazzo Ducale e l'attico comunale. E' una verifica dell'attività dell'artista locale COSIMO DAMIANO TONDO.

Nel 92 ritorna in museo Ezechiele Leandro: l'antologica espone come inedite le opere di grandi dimensioni del maestro.

Nel 93 il commissario governativo Gusella inaugura la mostra retrospettiva di Nino Rollo.

Con l'amministrazione Capone, il Museo aggiunge alle sue già consolidate prerogative la didattica; le manifestazioni che si succedono vogliono la presenza dell'artista che illustri, spieghi e guidi gli alunni del Distretto in visita di istruzione. Il Centro Culturale GHETONIA porta all'attenzione delle scolaresche interroganti la mostra "LA CASA A CORTE NEL SALENTO" che, in due sezioni, una fotografica documentaria, l'altra con audiovisivi ha oltre 2000 visitatori provenienti non solo dalle scuole elementari e medie dei paesi vicini, ma anche dalle superiori e dall'Università del capoluogo.

Altrettanto frequentata la mostra di COSIMO DAMIANO TONDO che vede nello stesso periodo anche a Lecce, promossa da quella Amministrazione, identica manifestazione.

Interessantissima la mostra antologica del giovane artista e docente della Accademia SALVATORE SAVA. L'attico comunale accoglie due sezioni: la pittura e grafica e la scultura in pietra leccese, l'atrio di Palazzo Ducale fa da contenitore di una serie di installazioni metalliche di gusto moderno.

Tutte le mostre sono state accompagnate da apposito catalogo edito dalle Amministrazioni succedutesi nel tempo. Attualmente il Museo è in fase di ristrutturazione ed alcune delle opere possedute sono state affidate a restauratori del Museo Provinciale.

Il Museo possiede, per donazione degli autori o degli eredi di questi ultimi, opere di ALDO CALO', NINO CAPPELLO, FRANCESCO BARBIERI, CARLO BARBIERI, FERNANDO DE FILIPPI, ETTORE CONSOLAZIONE, ROMANO SAMBATI, NULLO D'AMATO, COSIMO DAMIANO TONDO, FRANCO CIPRIANO, FRANCA ANGELINI.

Interessante anche la presenza di modelli in gesso manufatti da FRANCESCO BARBIERI per la realizzazione delle sue opere, e che costituiscono una notevole gipsoteca.

E' un Museo che non ha avuto bisogno di rodaggio, che anzi si è inserito "di prepotenza" nel vasto panorama delle istituzioni culturali guadagnandosi un posto di rilievo, e per il rigore scientifico delle proprie manifestazioni, e per l'indiscusso valore degli artisti presentati.